Była dyrektor Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości Katarzyna Duber-Stachurska publicznie wskazała, iż za zamieszanie wokół programu KPO HoReCa pełną odpowiedzialność ponosi Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej. Jak twierdzi, resort zatwierdzał wszystkie procedury, kryteria i dokumenty, a choćby codziennie nadzorował realizację programu.