Kontrola została przeprowadzona na zlecenie Marszałka Sejmu RP. Jej głównym celem było ustalenie jakie są zakres oraz źródła finansowania ze środków publicznych kościołów i innych związków wyznaniowych (w szczególności Kościoła Katolickiego), a także niektórych związanych z nimi podmiotów. To pierwsza tak obszerna i szczegółowa kontrola NIK dotycząca tego zagadnienia. Kontrolą objęto 21 jednostek: Kancelarię Prezesa …